بسیاری از روش های شیمیایی که برای کاهش مس آب مورد استفاده قرار می گیرند، در نهایت ترکیبات مضری را ممکن است ایجاد کنند. علاوه براین، اجرای این روش ها هزینه بر بوده و نیاز به تجهیزات پیشرفته دارد. به همین دلیل می توان از تصفیه بیولوژیکی برای فاضلاب و آب و پساب ها استفاده نمود. به عنوان مثال استفاده از ریزجلبک ها شرایطی را فراهم می کند تا زیست توده به مرور موجب تصفیه مس شود. از جمله میکروارگانیسم های موثر در این زمینه می توان به سیانو باکتری ها اشاره کرد.
برای اجرای این روش ابتدا توده زیستی باید به اندازه کافی توسعه پیدا کند. سپس آب حاوی مس cu وارد مخزن حاوی این زیست توده شده و با گذشته زمان میکروارگانیسم ها فرآیند تجزیه را انجام می دهند.